为了壮大自己的势力，火箭队与神奇宝贝联盟双方同时发动了规模庞大的战争，战火波及了整个关东地区。由于火箭队与神奇宝贝联盟采取了极为高明的战略，在军事方面成功吞并了暗暗队与保育家联盟，双方最终成为了关东地区最为强大的两个割据势力。另一方面，主角为了报答尼比道馆现任馆主的女儿——小米的接济，她开始四处盗取类似水晶的......